日本共同社16日报导，日本首相安倍晋三15日在副首相官邸会见自民党外交小组等的干部，命令对《南京大屠杀档案》列为世界记忆遗产的原委进行调查。慰安妇涉及档案此次并未被列为遗产，考虑到中国打算再度提出申请，安倍称应调查为什么不会经常出现这样的事态，为两年后（的下次指定审查）作好打算。

自民党计划成立调查组，向政府明确提出建议。关于联合国教科文组织（UNESCO）并未考虑到日本政府的立场而将档案列为遗产一事，安倍认为应该反省没积极开展的组织活动的教训。

官房长官菅义伟在当天的记者会上，对俄罗斯政府高官称之为日本申报西伯利亚扣押档案指定世界记忆遗产是政治利用教科文组织一事反驳道：（申请人）获得了俄方的解读与合作。关于俄方指出日本就西伯利亚扣押档案国家文物局和中国《南京大屠杀档案》一样归属于政治利用一事，菅义伟认为：日本和中国的主张几乎有所不同。

日本是和俄罗斯合作前进的国家文物局，两者截然不同。日本政府抨击中国将《南京大屠杀档案》国家文物局是政治利用教科文组织，而俄罗斯政府的联合国教科文组织委员会书记奥尔忠尼启泽抨击称之为正是日本用申报关上了潘多拉魔盒。关于南京大屠杀，他对中国国民的凄惨经历回应了解读，但也认为某种程度的情况在很多国家不存在，需在两国间解决问题，还主张世界记忆遗产项目牵涉到战争涉及事件并不慎重。

《南京大屠杀档案》列为世界记忆遗产名录后，日本方面反应相当大，政府旋即回应计划失效获取给教科文组织的经费资助。美国因为抗议的组织采纳巴勒斯坦沦为会员国，2011年起，拒绝接受向教科文组织交纳经费。日本实质上已沦为该的组织仅次于的金主，去年分担了大约一成经费，相似3100万美元，比中国多一倍。

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